Berdasarkan siri manga Captain Tsubasa yang sangat berjaya , Captain Tsubasa: Rise of New Champions membolehkan pemain menguasai beberapa pasukan kegemaran mereka atau membina skuad impian mereka sendiri untuk bermain dalam talian dan bermain dengan yang lain dalam pertandingan peringkat. Pemain juga dapat menghidupkan kembali sebahagian kisah Tsubasa, bermula sekitar titik tengah siri asal.
 Pemain juga boleh membuat watak mereka sendiri yang dapat disesuaikan untuk bermain melalui plot asli bersama pelakon siri yang lain. Kisah-kisah ini dapat dimainkan dalam urutan apa pun, tetapi pendatang baru harus bermula dengan Tsubasa kerana ia lebih banyak untuk memudahkan pemain memasuki permainan.
 Kisah asalnya berpusat pada watak pemain yang bergabung dengan salah satu daripada tiga pasukan terpilih ketika mereka berusaha untuk mewakili Jepun sebagai sebahagian daripada pasukan remaja kebangsaan.